【日本語で解説: Alphafold2】AIが蛋白質の構造を予測する！Google発のアルファフォールド2を使って結果の見方を解説。結果の判断に必要なpLDDTを見る自作プログラムを作りました。
今月、Google DeepMind社からAlphafold2がGitHubに公開され、
その精度の高さから構造生物学業界に衝撃を与えました。
囲碁のプロ棋士を破ったAlphaGoに続く新作プログラムで、
あたかも結晶構造解析を行ったかのような、
蛋白質の構造をAIで得ることができます。
しかし、結果のうちの信頼性を見ずに構造を信じると、
実際に構造が違ったという痛い目にあうこともあるでしょう。
今回は、pLDDTというper-residue confidence score（残基毎の信頼性）を、
pyMOL上で見る為に必要な操作を解説します。
簡単にpLDDTを見る為プログラムを自作したので、
私たちのグループで以前報告したHasAの結晶構造を比較として用いて、
Alphafold2の結果の確認方法を解説していきます。
Alphafold2の原理や背景については計算科学に精通している専門家の動画や
ウェブページをご覧ください。
ゲーミングパソコン（GPU内蔵、8コア以上のCPU）と
3TB以上のSSD（推奨）、64GB程度のメモリがあれば快適に動きますので、
科学者以外も試してみることをお勧めします。
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Alphafold2の原理や背景が分かりやすい解説動画:
高遠_頼 生命科学Channel
AlphaFold2を4分で解説【Vtuber】
Alphafold2のインストール方法（例、WindowsでもDockerで動くらしいです）
https://qiita.com/Ag_smith/items/7c76438906b3f665af38
Alphafold2インストールRTA（リアルタイムアタック）日本最速の方
森脇 由隆氏 Qiita AlphaFold (ver.2) インストール
高スペックPCを持っていない人はGoogle Colab上で動かせます。
https://www.chem-station.com/blog/2021/07/alphafold2.html
ケムステ：話題のAlphaFold2を使ってみた
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Alphafold2
https://github.com/deepmind/alphafold
AlphaFold Protein Structure Database
https://alphafold.ebi.ac.uk/
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Get plddt_align.py from github
https://github.com/CYP152N1/plddt2csv
解説プログラムインストール方法
(centos7)
$ cd /path/to/storage/
$ git clone https://github.com/CYP152N1/plddt2csv
$ cd /path/to/output/of/Alphafold2
$ python3 /path/to/storage/plddt2csv/plddt_align.py
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centos 7
